Homologické modely možno použiť aj na identifikáciu jemných rozdielov medzi príbuznými proteínmi, ktoré nie sú všetky štrukturálne vyriešené . Táto metóda sa napríklad použila na identifikáciu väzbových miest katiónov na Na+/K+ ATPázy a na navrhnutie hypotéz o väzbovej afinite rôznych ATPáz.
Na čo sa používajú homologické modely?
Homologické modelovanie je jednou z výpočtových metód predikcie štruktúry, ktoré sa používajú na určenie 3D štruktúry proteínu z jeho aminokyselinovej sekvencie. Je považovaná za najpresnejšiu z výpočtových metód predikcie štruktúry. Pozostáva z viacerých krokov, ktoré sú jednoduché a ľahko použiteľné.
Čo je homologické modelovanie a prečo je potrebné?
Homologické modelovanie získava trojrozmernú štruktúru cieľového proteínu založenú na podobnosti medzi templátovými a cieľovými sekvenciami a táto technika sa ukazuje ako účinná, pokiaľ ide o štúdium membránových proteínov, ktoré je ťažké kryštalizovať ako GPCR, pretože poskytuje vyšší stupeň pochopenia …
Ako vytvoríte model homológie?
modelovanie homológie zahŕňa niekoľko krokov
- výber šablóny pomocou cieľovej sekvencie. Na tento účel môžete vykonať vyhľadávanie BLASTp proti všetkým dostupným proteínovým štruktúram (PDB). …
- Zarovnanie šablóny a cieľovej sekvencie. …
- Kvalita vášho modelu. …
- Spresneniezodpovedajúcim spôsobom vášho modelu.
Čo tvorí dobrú homológiu Modelovanie?
Ak definujeme „veľmi úspešný model homológie“ako model s <=2 Å rmsd z empirickej štruktúry, potom templát musí mať >=60% sekvenčnú identitu s cieľom, aby bol úspech sadzba >70 %. Dokonca aj pri vysokej sekvenčnej identite (60%-95%) má až jeden z desiatich homologických modelov rmsd >5 Å vs.
