Keďže sonikácia môže potenciálne degradovať proteíny a denaturovať proteínové epitopy, ďalej sme hodnotili vplyv sonikácie na integritu proteínu.
Môže sonikácia poškodiť proteíny?
Populárne odpovede (1)
Štandardný sonikačný protokol neskôr nemôže spôsobiť fragmentáciu proteínov- energia je príliš nízka. Nemalo by to spôsobiť ani jeho denaturáciu. Môže byť denaturovaný, keď ho budete sonikovať príliš dlho a vzorku prehrejete. Ak používate niklovú chromatografiu, ostatné pásy môžu byť jednoducho nečistoty.
Môže sonikácia narušiť peptidové väzby?
Sonikácia nemôže normálne rozbiťprimárnu štruktúru proteínu, pretože táto štruktúra (sekvencia aminokyselín) je vytvorená z kovalentných väzieb, ktoré sú mnohonásobne silnejšie ako vodíkové väzby a sonikácia môže poskytnúť energiu potrebnú na prerušenie týchto väzieb.
Rozbije sonikácia jadrovú membránu?
A krátka sonikácia s nízkou energiou môže narušiť plazmatickú membránu bez toho, aby sa porušilo príliš veľa mitochondriálnych alebo jadrových membrán, čo vedie k taktným mitochondriám.
Je sonikácia potrebná na extrakciu bielkovín?
Solubilizácia detergentu (napr. SDS), ktorá je potrebná na izoláciu membránových proteínov, vedie k lepidlu podobnému lyzátu predovšetkým kvôli nukleovým kyselinám. Sonikácia je preto v takýchto prípadoch potrebná na rozrušenie týchto nukleových kyselín. Sonikácia generuje veľa tepla a nie je vhodná preveľa bielkovín.
