Artefakty primérového diméru sa zvyčajne vyskytujú pri vysokom počte prahových cyklov (zvyčajne > 35 cyklov), ktoré je vyššie ako prahové číslo cyklu pre požadovaný amplikón. Primérové diméry sa výrazne zvýšia, keď sa pridá heterológna genómová DNA.
Kde by ste videli primerové diméry na DNA géle?
Pri nekvantitatívnej koncovej PCR sa primérový dimér objaví ako viac-menej slabý náter na agarózovom géli, pod pásom produktu, ktorý je predmetom záujmu.
Ako vznikajú diméry primérov?
Primérové diméry vznikajú keď sa dva priméry viažu jeden na druhý namiesto na templátovú DNA, kvôli oblastiam komplementarity primérov.
Ako zisťujete diméry primeru?
Najjednoduchší spôsob, ako skontrolovať primer-diméry, je porovnať svoje reakcie s vašou negatívnou kontrolou (voda namiesto DNA alebo RNA). Primérové diméry sa budú stále tvoriť v negatívnej kontrole. Niektoré sady primérov s väčšou pravdepodobnosťou vytvoria diméry ako iné.
Prečo sa objavujú diméry základného náteru?
Väčšinou sú viditeľné diméry primerov kvôli vysokej koncentrácii primeru v reakčnej zmesi PCR. Alebo ak nie je žiadna PCR amplifikácia a môžete vidieť na primeru diméru v agarózovom géli. Ak vidíte produkt PCR, môžete znížiť koncentráciu primárneho média a zachovať ostatné podmienky rovnaké.
