Metódy založené na zachytávaní konformácie chromozómov (3C) odhaľujú organizáciu chromozómov v jadre určením fyzickej blízkosti párov bodov pozdĺž chromatínu. Zachovávajú chromatínové interakcie zosieťovaním, po ktorom nasleduje fragmentácia, ligácia a sekvenovanie interagujúcich oblastí.
Ako funguje zachytávanie konformácie chromozómov?
Zachytenie konformácie chromozómov na čipe (4C) zachytenie interakcií medzi jedným lokusom a všetkými ostatnými genómovými lokusmi. Zahŕňa druhý krok ligácie, aby sa vytvorili samookruhované fragmenty DNA, ktoré sa používajú na uskutočnenie inverznej PCR. … Na jednom microarray je možné analyzovať približne milión interakcií.
Čo je zachytávanie konformácie chromatínu?
Chromatin Conformation Capture (3C) je dôležitá technika používaná na štúdium štruktúry chromatínu, ako aj základ pre niekoľko ďalších odvodených techník. … Protokol zahŕňa formaldehydové zosieťovanie buniek, po ktorom nasleduje izolácia chromatínu a štiepenie reštrikčným enzýmom.
Ako funguje sekvenovanie Hi-C?
Prístup Hi-C rozširuje 3C-Seq na mapovanie kontaktov chromatínu v celom genóme a bol tiež aplikovaný na štúdium interakcií chromatínu in situ. Pri tejto metóde sú komplexy DNA-proteín zosieťované formaldehydom. Vzorka sa fragmentuje a DNA sa extrahuje, liguje a štiepi reštrikčnými enzýmami.
Čo je technika Hi-C?
Klasická technika Hi-C zahŕňa reštrikčné štiepenie formaldehydom zosieťovaného genómu sekvenčne špecifickými reštrikčnými enzýmami, po ktorom nasleduje vyplnenie a oprava natrávených koncov so začlenením nukleotidy spojené s biotínom. Opravené konce sa potom znova spoja.
